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基因簇(gene cluster)指基因家族中的各成員緊密成簇排列成大串的重複單位,定於染色體的的特殊區域。基因簇少則可以是由重複產生的兩個相鄰相關基因所組成,多則可以是幾百個相同基因串聯排列而成。他們屬於同一個祖先的基因擴增產物。也有一些基因家族的成員在染色體上排列並不緊密,中間還含有一些無關序列。但總體是分佈在染色體上相對集中的區域。
基因簇中也常常包括一些沒有生物功能的假基因。
一組緊密連鎖的且功能上密切相關的結構基因,多見於脈孢菌(Neurospora)等真菌中。這些基因各自編碼的酶常能組成多酶複合物,能催化代謝中的特定反應。細菌同一操縱子中的幾個結構基因也可稱基因簇,但這些基因編碼的酶並不組成複合體。
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