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液-液色譜有正相和反相之分。如果採用極性固定相和相對非極性流動相,就稱為正相;如果採用相對非極性固定相和極性流動相,則稱為反相。由於極性化合物更容易被極性固定相所保留,所以正相液-液色譜系統一般可用於分離極性化合物。相反,反相液-液色譜系統一般可用於分離非極性或弱極性化合物。另外,其他有些色譜如柱色譜也有正反相之分。
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