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發生學 (希臘語 φυλογένεση,φύλο,現代希臘語:fílo - 種系,性別和γεννήση,現代希臘語:jénnissi - 新生,誕生。也被稱作系統發生。)是指在地球歷史發展過程中生物種系的發生和發展。這個概念不單止用於動物種系的發生與發展,還會用在系統學各個層面的分類單元上面。它也會被用到某一特徵的在生物發育過程中的進化這一方面。

1實現手段

種系發生的研究是通過以下的手段實現的:
化石形態學和解剖學特徵的比較和研究,
現存生物的形態學,解剖學和生理學特徵的比較,
生物,特別是現存生物的個體發生研究,
DNA分析,例如測序和分子種系發生方法。
通過這些數據,人們就可以為生物建立一棵種系發生樹(演化樹),其中描述了各個物種之間可能有的親緣關係。
種系發生研究的最大困難是,種系發生的進化過程是不能被直接通過觀察和實驗被證實的。所以各個方面的證據都要被綜合起來分析。由於對這些證據的側重不同,會經常造成有多個不同的演化樹版本,例如原口類動物的幾個門究竟是歸到蛻皮動物(來自遺傳學方面的證據)還是觸手動物(形態學方面的證據)。

2特徵

特徵被分為同源和同功兩種。
同功特徵
同功,例如同功器官外形的相似,功能的相同,但它們卻是通過趨同演化獨立發展開來的。如墨魚的眼睛和脊椎動物的眼睛,它們外形構造相似,功能都是感光。但透過顯微鏡可看到,它們的微細結構不一樣。對個體發生的研究顯示,它們是從不同胚層發育而來的。同功現象並不是親緣關係的證據。

3與起源學的區別

發生學作為觀念與方法在人文科學領域運用日漸頻繁,使用範圍日漸廣泛。然而,一些人在使用這一概念時存在著誤解,最常見的是將發生理解為起源,將發生學理解為起源學。之所以出現這樣的誤解,是由於混淆了觀念的發生與事件的發生。觀念的發生與事件的發生是兩個不同的概念,前者強調主觀認識,後者強調客觀現象 ,因此,發生學研究人類知識結構的生成,而起源學研究事件在歷史中的出現;發生是邏輯推理概念,而起源是歷史時間概念。
發生學的基本特徵與應用
因此,作為人文科學研究的新方法與新視角,發生學強調的是對主客體共同作用的發生認識論原理的運用,這樣,發生學就與我們日常所說的事件的發生以及相關的起源概念明顯地區分開來。正是由於觀念發生與事件起源的不同,嚴格意義上的發生學就具有認識論與方法論的意義,作為認識論,它有別於強調認識結果的經驗主義;作為方法論,它有別於研究事件起源的實證主義。
發生學作為一種研究方法與範式,是從自然科學「嫁接」到人文科學的。如果說自然科學發生學研究應歸功於達爾文的生物進化論,那麼,人文科學發生學研究則應該歸功於皮亞傑的發生認識論。發生認識論的主要問題是解釋新的事物是怎樣在知識發展過程中構成的,其前提是,知識是不斷構造的結果,在每一次理解中,總有一定程度的發明被包含在內;知識從一個階段向另一個階段過渡,總是以一些新結構的形成為標誌,而發生認識論的中心問題就是關於新結構的構造機制問題。因此,發生學探究與認識相關的結構生成,不僅研究認識如何發生,也研究認識為何發生。
未來發展
在中國,人文科學發生學研究方興未艾,因此,我們有必要對人文科學發生學研究可能出現的問題與方法進行冷靜、客觀的分析,不僅認識其意義,也要認識到問題,而最為根本的,是將發生學研究付諸實踐,在整體上推動人文科學的研究與發展。但是,我們必須清醒地認識到,發生學只是認識論與方法論的一種有效途徑,它能有效解決事件發生與起源研究出現的一些問題,但不能解決所有問題,僅從科學要求的客觀性而言,它也只能是「通過逐步接近而困難地達到」。從目前的情形看,人文科學發生學研究的困境或許不在它自身,而在於它能否突破舊有的研究誤區,也就是將發生等同於起源的誤區,並消除起源研究導致的經驗主義者與實證主義者的疑慮。

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