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索引文檔是GROMACS最重要的概念文件,使用他能在模擬過程中為所欲為。舉一個簡單的例子,比如想周詳了解HIV整合酶切割DNA的反應機理,使用量子力學模擬反應位點的反應過程,而分子其他部位使用一般分子動力學模擬。於是我們就面臨一個對模擬系統進行分割定義的問題,在gromacs中,就要用到索引文件。
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