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表達譜差異分析

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通常,表達譜的分析結果需進一步的實驗加以證實。定量RT2PCR 是最靈敏的確證方法,該方法還可以將確證實驗的範圍擴大到原測組織以外的更廣泛的組織和組織類型,揭示基因表達的組織分佈情況。

1 表達譜差異分析 -簡述

表達譜差異分析(differential expression profiling)主要包括基因表達譜(gene expression profiling) 和蛋白質表達譜(protein expression profiling) 。大規模表達譜分析已經成為認識疾病分子機制的有利方法,在癌症研究等方面取得了一定的進展。成功的表達譜分析基於實驗及其過程分析的有機結合。實驗過程從關注的疾病開始,首先收集大量的疾病相關組織樣本,樣本數量可從10 多個到數百個,但必須足以對每一組織類型及個體差異進行比較分析,而且許多情況下不能僅簡單地分為正常和疾病組織。例如,在對糖尿病的研究中,所收集的樣本來自健康人、胰島素耐受和糖尿病病人的不同試驗階段,如胰島素治療前後。樣品還應包括其他器官的取材,以便進行基因表達的組織分佈研究。為了便於對後來的實驗數據進行分析管理,需採集並儲存所有的組織樣本和臨床參數。接下來進行組織樣本的處理,利用生物晶元(寡核苷酸晶元、cDNA 晶元或全基因組晶元) 進行表達譜測定,並進行生物信息學分析。

2 表達譜差異分析 -醫學應用

確證實驗揭示了疾病相關基因。據此,可以進行進一步研究,探索這些基因的功能,開發新的治療手段。例如,對於正常和疾病組織中表達有顯著性變化的基因,可以進行新治療靶點的鑒定和確定研究,或利用實驗和分析工具研究分析其功能;對於疾病組織中活性升高的酶,可以當作前葯活化酶進行鑒定研究。典型的表達譜能夠顯示疾病過程中有大量的已知基因表達的改變,而許多已知基因的代謝通路、表達產物酶學分類和蛋白質功能業已發表,將兩者對照分析,可以鑒定出酶活性,選擇其中可能成為前葯活化酶的部分進行進一步研究;對於疾病特異的蛋白質,可以進行抗原表型分析,決定疫苗的開發策略。

尋找差異表達基因的方法除晶元技術外,一些新的檢測方法如差異顯示PCR ( differential display PCR, DD-PCR) 、消減雜交( suppression subreactive hy bridization , SSH) 等也相繼得到結合應用。
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