核酸鏈間腺嘌呤和尿嘧啶(RNA)或胸腺嘧啶(DNA)以及鳥嘌呤和胞嘧啶的專一氫鏈結合。鹼基配對是DNA雙螺旋結構和RNA(單鏈)的基礎,也是複製、轉錄和翻譯作用的依據。分子雜交技術就是根據鹼基配對的原理設計的。鹼基配對后形成鹼基對(basepair,bp),常用作DNA分子的量度,如人類的線粒體DNA為16569bp。配對的鹼基互稱互補鹼基(complementary base),若一條核酸鏈的鹼基序列與另一條核酸鏈的鹼基序列反平行配對,則二者互稱互補鏈(complementary strand),如與RNA互補的DNA稱互補DNA(cDNA)。
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