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1950年6月5日，伊寧海關成立，前身是以伊犁專區稅務局關稅科為基礎組建的中華人民共和國伊寧支關，下設伊寧機場、蘇木別卡子和駐伊犁郵局三個辦事處。

1950年6月5日，霍爾果斯海關成立（時稱伊犁分關），同年11月3日，遵照海關總署電令，伊犁分關改稱霍爾果斯分關，下轄伊寧支關。