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DNA蛋白質

1 BLAST -介紹

什麼是BLAST?

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白質資料庫或DNA資料庫中進行相似性比較的分析工具。BLAST程序能迅速與公開資料庫進行相似性序列比較。BLAST結果中的得分是對一種對相似性的統計說明。

BLAST 採用一種局部的演算法獲得兩個序列中具有相似性的序列。如果您想進一步了解BLAST演算法,您可以參考NCBI的BLAST Course ,該頁有BLAST演算法的介紹。

2 BLAST -功能

BLAST功能是什麼?

BLAST對一條或多條序列(可以是任何形式的序列)在一個或多個核酸或蛋白序列庫中進行比對。BLAST還能比對發現具有缺口的序列。

BLAST是基於Altschul等人在J.Mol.Biol上發表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列資料庫中對查詢序列進行同源性比對工作。從最初的BLAST發展到現在NCBI提供的BLAST2.0,已將有缺口的比對 序列也考慮在內了。BLAST可處理任何數量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可選擇多個資料庫但資料庫必須是同一類型的,即要麼都是蛋白資料庫要麼都是核酸資料庫。所查詢的序列和調用的資料庫則可 以是任何形式的組合,既可以是核酸序列到蛋白庫中作查詢,也可以是蛋白序列到蛋白庫中作查詢,反之亦然。

3 BLAST -分類


GCG及EMBOSS等軟體包中包含有五種BLAST:

1、BLASTP是蛋白序列到蛋白庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對一的序列比對。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白庫中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列(一條核酸序列會被翻譯成可能的六條蛋白),再對每一條作一對一的蛋白序列比對。

3、BLASTN是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對一地核酸序列比對。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸庫中的一種查詢。與BLASTX相反,它是將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列,再同所查序列作蛋白與蛋白的比對。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。此種查詢將庫中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白(每條核酸序列會產生6條可能的蛋白序列),這樣每次比對會產生36種比對陣列。由於這種比對? 母叢有裕虼薚BLASTX在比對中對缺口不予以考慮。

通常根據查詢序列的類型(蛋白或核酸)來決定選用何種BLAST。假如是作核酸-核酸查詢,有兩種BLAST供選擇,通常默認為BLASTN。如要用TBLASTX也可,但記住此時不考慮缺口。

BLAST適用於本地查詢。可以下載公共資料庫,對於該資料庫的更新和維護是必不可少的。如果要直接到網上查詢也可以(即NetBlast),但記住如果你認為自己的序列很有價值的話,還是謹慎為宜。

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